Количество стран — членов МВФ постоянно растет и составило на начало 2012 года 188 страны. В 90-х годах в МВФ вступили страны СНГ, Восточной Европы, а также Швейцария, которая ранее придерживалась принципа «конструктивного  нечленства».

Руководящим органом МВФ является Совет управляющих, в ко­тором каждая из стран-участниц имеет своего представителя — в ос­новном министра, отвечающего в своей стране за валютную полити­ку, либо президента эмиссионного банка. Совет управляющих упол­номочен решать важнейшие вопросы, в частности прием новых членов, установление и   изменение   квот  участия,   предоставление странам дополнительных SDR. С 1972 г. специальным комитетам Совета управляющих было поручено контролировать функциониро­вание валютной системы и ее дальнейшее развитие.

До 1974 г. эту работу выполнял Комитет двадцати, названный по числу членов, основной задачей которого была коренная реформа международной валютной системы в связи с разрушением Бреттон-Вудской системы. С 1974 г. текущий контроль за функциониро­ванием мировой валютной системы и ее приспособление к изменяю­щимся условиям осуществляет новый Временный комитет (Interim Committee), который состоит из 24 человек. Формально комитет не обладает правами принятия решений, являясь консультационным ор­ганом, но фактически ему принадлежит в МВФ ведущая роль.

Исполнительный совет, который определяет политику и отвечает за большинство решений, состоит из 24 исполнительных директоров.

Директоров назначают восемь стран с наибольшими квотами в Фонде — Соединенные Штаты, Япония, Германия, Франция, Соединенное Королевство, Китай, Россия и Саудовская Аравия. Остальные 176 стран организованы в 16 групп, каждая из которых выбирает по исполнительному директору.

Примером такой группы стран может служить объединение стран бывших среднеазиатских республик СССР под руководством Швейцарии, которое получило название. Часто группы формируются странами со схожими интересами и обычно из одного региона, например, франкоязычные страны Африки.

Самым большим количеством голосов в МВФ (по состоянию на 16 июня 2006 года) обладают:

США — 17,08 %(16,407% - 2011);

Германия — 5,99 %;

Япония — 6,13 %(6,46% - 2011);

Великобритания — 4,95 %;

Франция — 4,95 %;

Саудовская Аравия — 3,22 %;

Китай — 2,94 % (6,394% - 2011);

Россия — 2,74 %.

Доля 15 стран участниц ЕС — 30,3 %, 29 стран-членов Организации экономического сотрудничества и развития имеют в совокупности 60,35 % голосов в МВФ. На долю остальных стран, составляющих свыше 84 % количества членов Фонда, приходится лишь 39,65 %.

В МВФ действует принцип «взвешенного» количества голосов: возможность стран-членов оказывать воздействие на деятельность Фонда с помощью голосования определяется их долей в его капитале.

Каждое государство имеет 250 «базовых» голосов независимо от величины его взноса в капитал и дополнительно по одному голосу за каждые 100 тыс. СДР суммы этого взноса. В том случае, если страна покупала (продавала) СДР, полученные ей при первичной эмиссии СДР, число её голосов увеличивается (сокращается) на 1 за каждые 400 тыс. купленных (проданных) СДР. Эта коррекция осуществляется не более чем на 1/4 от числа голосов, полученных за взнос страны в капитал Фонда. Такой порядок обеспечивает решающее большинство голосов ведущим государствам.

Решения в Совете управляющих обычно принимаются простым большинством (не менее половины) голосов, а по важным вопросам, имеющим оперативный либо стратегический характер, — «специальным большинством» (соответственно 70 или 85 % голосов стран-членов). Несмотря на некоторое сокращение удельного веса голосов США и ЕС, они по-прежнему могут налагать вето на ключевые решения Фонда, принятие которых требует максимального большинства (85 %). Это означает, что США вместе с ведущими западными государствами располагают возможностью осуществлять контроль над процессом принятия решений в МВФ и направлять его деятельность исходя из своих интересов.

При наличии скоординированных действий развивающиеся страны также в состоянии не допускать принятия не устраивающих их решений. Однако достичь согласованности большому числу разнородных стран сложно. На встрече руководителей Фонда в апреле 2004 г. было высказано намерение «расширить возможности развивающихся стран и стран с переходными экономиками участвовать более эффективно в механизме принятия решений в МВФ».

Существенную роль в организационной структуре МВФ играет Международный валютный и финансовый комитет (МВФК; англ. International Monetary and Financial Committee). C 1974 г. до сентября 1999 г. его предшественником был Временный комитет по вопросам международной валютной системы. Он состоит из 24 управляющих МВФ, в том числе от России, и собирается на свои сессии дважды в год.

Этот комитет является совещательным органом Совета управляющих и не имеет полномочий для принятия директивных решений. Тем не менее он выполняет важные функции: направляет деятельность Исполнительного совета; вырабатывает стратегические решения, относящиеся к функционированию мировой валютной системы и деятельности МВФ; представляет Совету управляющих предложения о внесении поправок в Статьи Соглашения МВФ.

Подобную роль играет также Комитет по развитию — Объединенный министерский комитет Советов управляющих ВБ и МВФ (Joint IMF — World Bank Development Committee).

Совет управляющих делегирует многие свои полномочия Исполнительному совету (англ. Executive Board), то есть директорату, который несёт ответственность за ведение дел МВФ, включающих широкий круг политических, оперативных и административных вопросов, в частности предоставление кредитов странам-членам и осуществление надзора за их политикой валютного курса.

Исполнительный совет МВФ выбирает на пятилетний срок директора-распорядителя (англ. Managing Director), который возглавляет штат сотрудников Фонда (на март 2009 г. — около 2478 человек из 143 стран). Как правило он представляет одну из европейских стран.

Директор-распорядитель (с 5 июля 2011) — Кристин Лагард (Франция), её первый заместитель — Джон Липски (США). Глава постоянного представительства МВФ в России — Невен Матес.